Spielpaarungen (02. Runde - Qualifikation)
Hin: 30. Juli 2003 (Mittwoch) / Rück: 06. August 2003 (Mittwoch)
| Mannschaft 1 | - | Mannschaft 2 | Hin | Rück | Gesamt |
| MTK Budapest | - | HJK Helsinki | 3:1 | 0:1 | 3:2 |
| Pyunik FC Eriwan | - | ZSKA Sofia | 0:2 | 0:1 | 0:3 |
| FBK Kaunas | - | Celtic Glasgow | 0:4 | 0:1 | 0:5 |
| Leotar Trebinje | - | Slavia Prag | 1:2 | 0:2 | 1:4 |
| FC Sheriff Tiraspol | - | Schachtjor Donezk | 0:0 | 0:2 | 0:2 |
| MSK Zilina | - | Maccabi Tel-Aviv | 1:0 | 1:1 | 2:1 |
| Bohemians Dublin | - | Rosenborg Trondheim | 0:1 | 0:4 | 0:5 |
| NK Maribor | - | NK Dinamo Zagreb | 1:1 | 1:2 | 2:3 |
| ZSKA Moskau | - | Vardar Skopje | 1:2 | 1:1 | 2:3 |
| Rapid Bukarest | - | RSC Anderlecht | 0:0 | 2:3 | 2:3 |
| Partizan Belgrad | - | Djurgardens IF | 1:1 | 2:2 | 3:3* |
| Wisla Krakau | - | Omonia Nikosia | 5:2 | 2:2 | 7:4 |
| FC Kopenhagen | - | Sliema Wanderers FC | 4:1 | 6:0 | 10:1 |
| SK Tirana | - | Grazer AK | 1:5 | 1:2 | 2:7 |
*Bei Gleichstand nach Hin- und Rückspiel entscheiden die mehr geschossenen Auswärtstore. Bei gleicher Anzahl der selbigen kommt es zur Verlängerung und gegebenenfalls im Anschluss Elfmeterschießen.
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